O núcleo de pintura do museu reúne um importante conjunto de obras produzidas em Portugal entre sécs. XV e XVIII. Pela sua relevância salienta-se o conjunto de quadros da escola primitiva portuguesa, nomeadamente  o  Ecce Homo, tábua gótica final do séc. XV, o S. Vicente, atribuído ao Mestre Gil (Escola de Coimbra), a Virgem da Rosa atribuída ao pintor português Francisco Campos, a  Missa de S. Gregório da oficina dos Mestres de Ferreirim (Gregório Lopes?), a  Anunciação da Virgem, e um grupo de quatro painéis, de influência italiana, da autoria do pintor português António Nogueira, as quatro tábuas  representam  cenas da vida de Cristo nomeadamente a Visitação de Santa Isabel, a Descida da Cruz, a Ressurreição , e a Ascensão.

Da pintura portuguesa do séc. XVIII destacam-se o Juízo Final de Bento Coelho da Silveira e a Última Ceia, de Pedro Alexandrino.

Da Escola Flamenga salienta-se a Virgem do Leite, óleo sobre madeira, datado da primeira metade do séc. XVI, e o  tríptico o Cristo e os Apóstolos, óleo sobre madeira, igualmente da primeira metade do séc. XVI.

Do núcleo da escola espanhola do séc. XVII, o visitante pode observar as telas Santo Agostinho, Martírio de S. Bartolomeu, S. Jerónimo, atribuídas ao pintor espanhol José de Ribera.

De Juan Arellano, pintor espanhol da cidade de Santander, pertencem à colecção dois bustos: um masculino, representando Cristo, e um feminino, representando a Virgem. São ainda dignas de referência a Vanitas (óleo sobre madeira), o S. Francisco de Assis em Transe, o S. Pedro de Alcântara, e duas telas representando a Cabeça de S. João Baptista.