O primeiro museu de Beja foi, sem dúvida, o representado pelas colecções particulares de Frei Manuel do Cenáculo (1724-1814), o ilustre prelado bejense cujos méritos e zelos de investigador atraíram a esta cidade a atenção do mundo culto de então. A investidura de Cenáculo no arcebispado de Évora ocasionou a mu­dança de muitos monumentos, de vária espécie, para aquela cidade. O caso prejudicou Beja. Mas não deixou de estar absolutamente dentro do espírito da época em que o erudito bispo viveu.

Disperso o Museu Sesinando-Cenáculo-Pacense, das lápides e pedras ornamentadas que não foram para Évora, algumas se perderam aqui mesmo; mais de duas dezenas, e das mais preciosas, foram depois, recupe­radas, graças à desinteressada coope­ração de D. António Xavier de Sousa Monteiro, bispo da sede pacense, que à medida que elas se iam descobrin­do no Paço episcopal as mandava entregar à Câmara.

Decorridas oito décadas, em sessão de 5 de Março de 1890, o Dr. Ma­nuel Duarte Laranja Gomes Palma, presidente do município, propõe que se dê início, com os objectos então arrecadados no andar superior da Domus Municipalis, a um pequeno museu representativo deste concelho, o qual se inaugurou, após outras sessões em que se trataram de por­menores relacionados com o assunto, a 29 de Dezembro de 1892 (uma quinta-feira), com o nome de Museu Archeologico Municipal de Beja.

A verdadeira alma do Museu foi, porém, o chefe da secretaria municipal, José Umbelino Palma, cuja actividade em prol da instituição se manifestou principalmente no periódico local, «O Bejense», do qual era director. A afluência de ofertas e depósitos avolumou o recheio de tal modo que, em 1898, este; se repartia por diversos aposentos do Edifício da Câmara Municipal.

Nos anos de 1927 e 1928 as colecções do Museu passaram para o actual edifício do Convento de Nossa Senhora da Conceição, sendo aumentadas com objectos de arte religiosa procedentes de igrejas demolidas e extintos conventos desta cidade: quadros, andores, ima­gens, paramentos, jóias e diversas alfaias do culto.

Nessa data, dando cumprimento a um decreto anterior, a tutela do Museu Regional de Beja passou da Câmara Municipal para a da antiga Junta Geral do Distrito, actual Assembleia Distrital de Beja, organismo do qual o Museu Rainha D. Leonor depende administrativamente.