A colecção de Ourivesaria do Museu é constituída por um conjunto de prataria sacra e civil, embora esta última em menor número, que vai do século XVI ao século XIX. Desde logo se evidenciam os dois andores em prata, e respectivas peanhas, datados da primeira metade do séc. XVIII que se encontram expostos na Igreja do Convento da Conceição. Dedicados a S. João Evangelista e S. João Baptista representam, respectivamente, o martírio daquele Apóstolo, e o Baptismo de Cristo no rio Jordão.

Da colecção sobressai uma escrivaninha em prata branca oferecida à cidade de Beja pelo Rei D. Manuel I. É constituída por quatro peças: um tinteiro, um arieiro, um porta pena e  uma bandeja onde se encontram gravados os escudos reais de Portugal e da cidade de Beja, a cruz da Ordem de Cristo e a Esfera Armilar, símbolo de D. Manuel I.

Faz parte da colecção um conjunto de nove missais, dos sécs. XVII e XVIII, de estilo barroco, cujas capas em madeira se encontram forradas a veludo, decoradas por elementos e guarnições em prata, com motivos vegetalistas e de iconografia cristã – a águia e o cordeiro, respectivamente símbolos de S. João Evangelista e S. João Baptista. 

Existem outras peças dos sécs. XVII e XVIII que atestam a importância desta colecção, nomeadamente  uma caixa de corporais em prata, um conjunto de sacras de prata, uma Naveta de prata branca, um cálice de prata dourada com inscrição gótica, um par de galhetas de prata com recipientes de cristal, e ainda custódias em prata, ostiários portugueses em prata dourada, resplendores em prata, castiçais em prata cinzelada, coroas, campainhas e turíbulos.